هدف از حسابداری پیمانکاری، محاسبه قیمت تمام شده پروژه‌های پیمانکاری است. در این نوع حسابداری موارد مختلفی چون محاسبه مالیات، بیمه و هزینه‌های موجود در پروژه‌های پیمانکاری و ارتباط پروژه‌ها با سازمان‌هایی چون تامین اجتماعی و دارایی وجود دارد. بر این اساس لازم است که حسابدار پیمانکاری علاوه بر داشتن دانش حسابداری، بر اصول و قواعد مالیاتی پیمانکاری نیز اشراف کامل داشته باشد. با این توضیحات مشخص است که حسابداری پیمانکاری، از حساسیت بالا و پیچیدگی های زیادی برخوردار است و با سایر حسابداری‌ها متفاوت است. از این رو برای حسابدارانی که می‌خواهند در حوزه حسابداری پیمانکاری فعالیت داشته باشند، آموزش حسابداری پیمانکاری ملزم و ضروری است.
هم اکنون شرکت‌های خدمات پیمانکاری رتبه یک انواع شرکت‌ها و موسسات در کل کشور را به خود اختصاص داده‌اند و یک وزنه خوب در رسته حسابداری محسوب می‌شوند؛ که اغلب مشکلات اصلی آنها موارد زیر هستند:
حوزه مالیات بر ارزش افزوده، در صورتی گواهینامه ثبت نام به پیمانکاران می‌دهد که صورت وضعیت‌هایشان به شکل صورتحساب شود و مبالغ مالیات بر ارزش افزوده آنها نیز پرداخت شود که این خودش یک چالش بزرگ محسوب می‌شود. آموزش مالیات یکی از دوره های پر کاربرد شرکت پرشین حساب است.
از طرف دیگر سامانه صورت معاملات فصلی (ماده 169 مکرر) نیز، رسیدگی‌های مربوط به سال‌های 1391 به بعد را از ابتدای سال 1395 شروع کرده که خودش به تنهایی یک پروژه داغ محسوب می‌شود.
کنترل اموال و اثاثیه و انبار، چند مورد مسئله ساز و بسیار خطرناک در عملکرد شرکت‌های پیمانکاری محسوب می شود که فقط یک حسابدار پیمانکاری می‌داند چه باید کرد.
هنوز وقتی از پیمانکاران می‌پرسیم درآمد شما چه موقع قابل شناسایی است می‌گویند هر وقت صورت وضعیت‌ها ارسال شود و ممیزان حوزه مالیاتی پس از بررسی متوجه می‌شوند صورت وضعیت ارسالی با صورت وضعیت تایید شده خیلی اختلاف دارد.
ضربه بزرگی که نمی‌‌تواند حافظ منافع پیمانکاران در پیمان‌های بلندمدت باشد و اصلاً نمی‌دانند از کجا می‌خورند، عدم استقرار پارامترهای کاربردی استاندارد شماره 9 حسابداری است.
و بزرگترین مشکل پیمانکاران عدم پیاده سازی یک نرم افزار پر کاربرد، با قیمت مناسب و به دنبال آن عدم اتمام مشکلات انبارها و کنترل‌های داخلی است.